在打败异形军异形后的两年，失去魔力的宫藤芳佳回到扶桑皇国，在父亲的医院里当助手。平静的生活被一起神秘事件打破：一艘货船在海上被击毁，袭击者的痕迹与当年的异形军极为相似，但又完全不同。芳佳在调查中遇到了一名自称“无铭”的少女，她能凭空召唤出类似异形军的武器。随着调查深入，芳佳发现人类军方正在利用捕获的异形军尸体进行人造魔女实验，而无铭就是失败的实验体。面对失控的人造异形，已经失去飞行能力的芳佳为了救人，强行透支生命力发动了“烈风斩”。曾经的501成员在世界各地感知到她的呼唤，纷纷赶来，在最后三十秒上演了全员集结的经典镜头。
粉丝向剧场版的标杆。打斗经费燃烧，空战分镜极佳。虽然剧情相对简单，但最后老队员们回归的一幕，足以让老粉丝感动落泪。
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